Năm 1243, nhà Trần tôn tạo sửa đổi và gọi Thăng Long là Long Phượng. Cuối thời Trần, Hồ Quý Ly cho đặt tên là Đông Đô.
Năm 1428, Lê Lợi đặt kinh đô tại Thăng Long và đổi tên là Đông Kinh, vì có kinh đô thứ 2 là Tây Kinh tại Thanh Hóa. Vào khoảng thế kỷ 16, khi Đông Kinh trở thành một đô thị sầm uất, có cả người Châu Âu đến buôn bán, thì trong dân gian bắt đầu gọi Đông Kinh là Kẻ Chợ. Theo 1 người đã đến kinh đô Thăng Long là ông William Dampier người Anh thì tại đây có tới 20.000 nóc nhà, thường thấp, tường trát bùn và mái lợp rơm. Dù vậy cũng có một số nhà xây bằng gạch và lợp ngói.[1] Hoàng cung được xây dựng nguy nga hơn dù cũng làm bằng gỗ.[2]
Năm 1805, sau khi thống nhất đất nước, nhà Nguyễn đặt kinh đô tại Phú Xuân (Huế) và cho phá thành Thăng Long để xây thành theo phương pháp của phương Tây do kỹ sư Pháp giúp đỡ. Đồng thời vua Gia Long đổi tên chữ Hán của Thăng Long 昇龍, với nghĩa là "rồng bay lên" thành ra từ đồng âm Thăng Long 昇隆, nhưng mang nghĩa là "thịnh vượng"[3] khác nghĩa với thời các triều đại trước, vì cho rằng Thăng Long lúc đó không còn là kinh đô nơi vua ở cho nên không dùng biểu tượng rồng, linh vật tượng trưng cho vương quyền. Gia Long đổi phủ Phụng Thiên thành phủ Hoài Đức, còn tại kinh đô Huế cho lập phủ Thừa Thiên, trực lệ kinh kỳ. Thăng Long tồn tại cho đến thời vua Minh Mạng khi bãi bỏ Bắc Thành tổng trấn và thành lập tỉnh Hà Nội, năm 1831 niên hiệu Minh Mạng thứ 12
