Trước tình hình đó, Hội nghị Ban Chấp hành Trung ương Đảng họp trong ba ngày 6, 7, 8-11-1939, nhằm giải quyết vấn đề chuyển hướng đường lối và phương pháp cách mạng trong tình hình mới.
Hội nghị được tổ chức tại Bà Điểm (Hóc Môn, Gia Định). Dự hội nghị có các đồng chí Võ Văn Tần, Phan Đăng Lưu, Lê Duẩn..., đồng chí Nguyễn Văn Cừ - Tổng Bí thư của Đảng, chủ trì Hội nghị.
Hội nghị phân tích tính chất của cuộc Chiến tranh thế giới thứ hai: đây là cuộc chiến tranh giữa hai tập đoàn đế quốc nhằm tranh giành, chia lại thị trường thế giới. Thủ phạm chính của cuộc chiến tranh là phát xít Đức - Ý - Nhật. Các nước đế quốc trong khi đánh nhau đều có âm mưu xoay cuộc chiến chĩa mũi nhọn vào Liên Xô. Hội nghị nhận định: chiến tranh thế giới sẽ gieo đau thương tai họa ghê gớm cho loài người "thế giới sẽ là cái lò sát sinh lớn! Nhân loại sẽ phải chịu một số kiếp vô cùng thê thảm".
Về tình hình Đông Dương, Hội nghị nhận định Đông Dương sẽ bị lôi kéo vào guồng máy chiến tranh "một cuộc đại thảm sát xưa nay chưa từng thấy”, phát xít Nhật sẽ xâm chiếm Đông Dương và Pháp sẽ đầu hàng Nhật. Chế độ cai trị ở Đông Dương đã trở thành chế độ phát xít "một thứ phát xít quân nhân thuộc địa nên lại càng tham tàn độc ác bội phần". Toàn bộ đời sống xã hội của các giai cấp, các dân tộc ở Đông Dương bị đảo lộn. Hội nghị phân tích rõ thái độ từng giai cấp trong xã hội, xu hướng chính trị của các đảng phái, tôn giáo. Hội nghị kết luận: mối liên quan lực lượng các giai cấp như sau: "a) Một bên là đế quốc Pháp cầm hết quyền kinh tế chính trị dựa vào bọn vua quan bổn xứ thối nát và bọn chó săn phản bội dân tộc. b) Một bên là tất cả các dân tộc bổn xứ bị đế quốc chủ nghĩa Pháp áp bức như trâu ngựa và đẽo rút xương tuỷ... Những thảm trạng do đế quốc chiến tranh gây nên sẽ làm cho trình tự cấp tiến hoá và cách mệnh hoá của quần chúng hết sức mau chóng... Cuộc khủng hoảng kinh tế, chính trị gây nên bởi đế quốc chiến tranh lần này sẽ nung nấu cách mệnh Đông Dương nổ bùng...".
Sau khi phân tích rõ mâu thuẫn chủ yếu, gay gắt nhất ở Đông Dương lúc này là mâu thuẫn giữa đế quốc và các dân tộc Đông Dương, Hội nghị xác định mục tiêu chiến lược trước mắt của cách mạng Đông Dương là đánh đổ đế quốc và tay sai, giải phóng các dân tộc Đông Dương, làm cho Đông Dương hoàn toàn độc lập. "Bước đường sinh tồn của các dân tộc Đông Dương không còn có con đường nào khác hơn là con đường đánh đổ đế quốc Pháp, chống tất cả ách ngoại xâm vô luận da trắng hay da vàng để tranh lấy giải phóng độc lập".
Nhằm tập trung mọi lực lượng phục vụ nhiệm vụ chủ yếu là chống chiến tranh đế quốc, giành độc lập dân tộc, Hội nghị chủ trương tạm gác khẩu hiệu cách mạng ruộng đất, thay bằng khẩu hiệu "tịch ký ruộng đất của những địa chủ phản bội quyền lợi dân tộc".
Lần đầu tiên, Hội nghị làm sáng tỏ mối quan hệ giữa hai nhiệm vụ phản đế và phản phong, xác định rõ nhiệm vụ phản đế là quan trọng, làm rõ thêm tính chất khăng khít nhưng không tiến hành nhất loạt ngang nhau giữa hai nhiệm vụ đó.
Hội nghị quyết định thành lập Mặt trận Thống nhất dân tộc phản đế Đông Dương thay cho Mặt trận Dân chủ Đông Dương, dựa trên cơ sở liên minh công nông là "hai lực lượng chính của cách mạng" để đoàn kết tất cả các giai cấp các đảng phái, các dân tộc các phần tử phản đế chĩa mũi nhọn của cách mạng vào kẻ thù chủ yếu là đế quốc và tay sai của chúng. Khẩu hiệu lập chính quyền Xôviết công, nông binh được thay thế bằng khẩu hiệu lập chính quyền dân chủ cộng hoà.
Về phương pháp cách mạng, Hội nghị quyết định chuyển từ đấu tranh đòi quyền dân sinh, dân chủ sang đấu tranh trực tiếp đánh đổ chính quyền của đế quốc và tay sai, từ hoạt động hợp pháp nửa hợp pháp sang hoạt động bí mật và bất hợp pháp “bước tới bạo động làm cách mạng giải phóng dân tộc".
Hội nghị đặc biệt chú trọng đến công tác xây dựng Đảng, đề ra những nguyên tắc và biện pháp cụ thể nhằm củng cố Đảng về mọi mặt. Phải thống nhất ý chí và hành động, phải mật thiết liên lạc với quần chúng, phải có vũ trang lý luận cách mạng phải lập tức khôi phục hệ thống tổ chức Đảng Trung - Nam - Bắc, phải khuếch trương và củng cố cơ sở Đảng ở các thành thị, các trung tâm điểm kỹ nghệ và các hầm mỏ, đồn điền, thực hiện tự phê bình và đấu tranh trên hai mặt trận chống “tả" khuynh và "hữu” khuynh, đặc biệt chú trọng sự thống nhất ý chí và hành động trong toàn Đảng.
Nghị quyết Hội nghị Trung ương Đảng tháng 11-1939 đánh dấu bước phát triển quan trọng về lý luận và đường lối phương pháp cách mạng của Đảng, thể hiện sự nhạy bén về chính trị và năng lực sáng tạo của Đảng. Nghị quyết góp phần làm phong phú kho tàng lý luận của Đảng ta về cách mạng dân tộc dân chủ nhân dân.
