Phong trào Đông Du bị thất bại vì:Phong trào Đông du đã có giai đoạn rất phát triển đã khiến cho thực dân Pháp rất lo ngại. Năm 1908, thực dân Pháp đã cấu kết với Nhật chống phá phong trào đông du. Bắt tay với Pháp, ít lâu sau chính phủ Nhật đã trục xuất những người yêu nước Việt Nam và Phan Bội Châu ra khỏi Nhật Bản. Đến năm 1909, phong trào đông du tan rã.
