Tỉnh Hậu Giang có một hệ thống sông ngòi kênh rạch chằng chịt với tổng chiều dài khoảng 2.300km. Mật độ sông rạch khá lớn 1,5km/km, vùng ven sông Hậu thuộc huyện Châu Thành lên đến 2km/km.
Do điều kiện địa lý của vùng, chế độ thuỷ văn của tỉnh Hậu Giang vừa chịu ảnh hưởng của chế độ nguồn nước sông Hậu, vừa chịu ảnh hưởng chế độ triều biển Đông, biển Tây và chế độ mưa nội tỉnh.