Vì khi gây ra bởi đột biến gen FGD1, hội chứng Aarskog-Scott được di truyền theo mô hình lặn liên kết với X. Gen FGD1 nằm trên nhiễm sắc thể X, là một trong hai nhiễm sắc thể giới tính. Ở nam giới (chỉ có một nhiễm sắc thể X), một bản sao gen bị thay đổi trong mỗi tế bào là đủ để gây ra tình trạng này.
