- Từ năm 1885 - 1888: Giai đoạn chuẩn bị lực lượng, xây dựng cơ sở chiến đấu của nghĩa quân.
- Từ năm 1888 - 1896: Giai đoạn chiến đấu quyết liệt.
+ Dựa vào vùng rừng núi hiểm trở, có sự chỉ huy thống nhất và phối hợp tương đối chặt chẽ, nghĩa quân đã đẩy lui nhiều cuộc hành quân càn quét của địch, lập chiến thắng lớn.
+ Để đối phó Pháp tập trung binh lực và xây dựng một hệ thống đồn, bốt nhằm bao vây, cô lập nghĩa quân. Đồng thời chúng mở nhiều cuộc tấn công quy mô vào căn cứ chính Ngàn Trươi. Nghĩa quân chống cự không nổi bèn thất thế.
+ Nghĩa quân phải chiến đấu trong điều kiện ngày càng gian khổ hơn, lực lượng suy yếu dần, khả năng tan rã cao nhưng vẫn chiến đấu tới cùng.
+ Sau khi Phan Đình Phùng hi sinh (28-12-1895), mất chỉ huy nghĩa quân như rắn mất đầu , cuộc khởi nghĩa được duy trì thêm một thời gian dài(đc 1 năm trời ) rồi tan rã.
-> Tuy ko thắng nhưng nghĩa quân vẫn gớp phần cho cách mạng, làm tổn thất về phía giặc Pháp.
