1886, thực dân Pháp đánh chiếm Yên Bái. Đến năm 1888, thành lập Quân khu Yên Bái. Ngày 20/8/1891, chúng thành lập các đạo quan binh ở Bắc Kỳ. Đạo quan binh 3 Yên Bái gồm có ba tiểu quân khu: tiểu quân khu Yên Bái, tiểu quân khu Lào Cai và tiểu quân khu Tuyên Quang. Dưới tiểu quân khu có các đồn binh kiểm soát các khu vực trọng yếu. Năm 1896, Đạo quan binh 3 Yên Bái chuyển thành Đạo quan binh 4 Lào Cai, chỉ còn hai tiểu quân khu: tiểu quân khu Lào Cai và tiểu quân khu Yên Bái. Tư lệnh Đạo quan binh là sĩ quan quân sự nắm cả quân sự và dân sự. Về quân sự chịu sự chỉ đạo trực tiếp của tư lệnh quân đội viễn chinh Pháp ở Đông Dương; về dân sự quyền ngang Thống sứ Bắc Kỳ 1, chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Toàn quyền Đông Dương (từ năm 1897 quyền của tư lệnh Đạo quan binh chỉ còn ngang quyền của Công sứ, chịu sự chỉ đạo của Thống sứ Bắc Kỳ).
Đứng đầu tỉnh Yên Bái là viên Tuần phủ, nhưng thực quyền định đoạt mọi việc là tên Công sứ Pháp. Công sứ nắm, kiểm soát bên dưới thông qua bọn quan lại tay sai, tầng lớp trên của xã hội là thổ hào phong kiến, phìa tạo, bằng cách nhả cho bọn này một số quyền lợi và dựa vào bọn mật thám, bọn đội lốt tôn giáo cùng với bọn võ quan Pháp là chủ các đồn điền. Hệ thống kiểm soát này rất phức tạp, thiên về đàn áp. Những kẻ trong hệ thống có đặc quyền, đặc lợi rất lớn. Còn đối tượng của hệ thống là nhân dân không có chút quyền dân chủ nào.
Chính sách cai trị của thực dân Pháp là chia để trị, giữa người lương và giáo, nội bộ từng dân tộc với nhau, giữa người Kinh với các dân tộc anh em khác. Sau khởi nghĩa Giáp Dần (1913-1914) bọn chúng bắt người Tày đi đàn áp người Dao và xuyên tạc rằng người Dao nổi dậy giết người Tày lấy lúa, giết người Kinh lấy muối. Âm mưu của giặc là chia rẽ lực lượng, phá vỡ khối đoàn kết toàn dân, đoàn kết các dân tộc để chúng dễ bề đàn áp, thống trị.
“Bình định” xong, thực dân Pháp chuyển sang khai thác thuộc địa theo chương trình của Pôn Đu-me và An-be Xa- rô. Ở Yên Bái, chúng thực hiện chính sách phản động, một mặt duy trì kinh tế phong kiến (sở hữu phong kiến, bóc lột địa tô, “cuông”, “nguột”), mặt khác chúng vơ vét tài nguyên, sản phẩm, bóc lột nhân công rẻ mạt để phục vụ cho công nghiệp chính quốc và biến Yên Bái thành nơi tiêu thụ hàng hóa cho Pháp. Năm 1928, Tòa sứ Yên Bái nhận 193 đơn xin khai thác mỏ, 285 đơn xin khai thác lâm sản, gần 100 nhà tư sản, võ quan, địa chủ Pháp xin mở đồn điền.
Để phục vụ chương trình khai thác thuộc địa, thực dân Pháp thực hiện chính sách thuế khóa hết sức nặng nề, dã man. Thuế đinh (hay thuế thân), trước khi Pháp xâm lược, nhà Nguyễn thu mỗi suất đinh 1,4 hào, thì ngay khi Pháp chiếm Yên Bái đã nâng lên 5 hào. Ở vùng dân tộc ít người, chúng dùng cách đánh thuế “kiếm ốc” tính theo số nóc nhà, mỗi nhà phải nộp mỗi suất 1,3 đồng (2,5 đồng bằng một tạ gạo ngon). Ngoài ra, còn hàng trăm khoản phụ thu, lạm bổ đánh vào người lao động. Riêng khoản thuế chính ngạch của Yên Bái năm 1932 trị giá 1.840 tấn thóc. Về thuế điền, thực dân Pháp chia ruộng vùng người Kinh làm 5 hạng, hạng một thu 2 đồng/mẫu Bắc bộ, hạng năm thu 2 hào/mẫu. Đối với vùng đồng bào dân tộc, chúng chỉ chia ruộng làm 2 hạng, hạng một thu 7,2 đồng/ mẫu, hạng hai thu 5,2 đồng/mẫu. Sở dĩ có sự chênh lệch mức thuế điền giữa cùng người Kinh và vùng đồng bào các dân tộc là do hầu hết ruộng ở vùng người Kinh đã bị các chủ đồn điền Pháp cướp đoạt, nên được ưu đãi, chỉ đánh thuế nhẹ. Thuế đồn điền tăng, trong khi đó diện tích 1 mẫu Bắc Bộ so trước lại giảm từ 4.970m2/mẫu xuống còn 3.600m2/mẫu, trong điều kiện năng suất không tăng thì thu nhập của người nông dân đã giảm đi. Muối ăn rất khan hiếm ở miền núi, bị đánh thuế rất nặng, từ năm 1928 đến năm 1939 thuế 1 tạ muối từ 2,5 hào lên 2,5 đồng và còn bị bọn thực dân và bè lũ tay sai sử dụng như một công cụ để khống chế, kiểm soát nhân dân.
Kinh tế Yên Bái vốn lạc hậu, tự cấp, tự túc. Vùng cao hoàn toàn du canh, du cư. Từ khi thực dân Pháp tiến hành khai thác thuộc địa, kinh tế phát triển què quặt, hướng vào vơ vét, bóc lột cho chính quốc.
Về công nghiệp, thực dân Pháp chỉ chú trọng khai thác khoáng sản (than, chì) và lâm sản (gỗ, chè, quế). Một số mỏ lớn mà thực dân Pháp khai thác như các mỏ than Minh Tiến, Quy Mông, mỏ phấn Minh Bảo, mỏ bạc Tú Lệ kỹ thuật khai thác rất thô sơ, lạc hậu, chủ yếu dựa vào sức người. Ở thị xã Yên Bái chúng làm trạm phát điện vào năm 1925, phục vụ bọn Pháp và chính quyền tay sai.
Về nông nghiệp, sau chiến tranh thế giới thứ I (1914-1918), thực dân Pháp bắt đầu thi hành chính sách di dân doanh điền. Chủ đồn điền ngoài bọn Pháp, còn có bọn mật thám, một số quan lại, tư sản người Việt và địa chủ nhà Chung. Từ năm 1937-1943 nạn cướp đất diễn ra ồ ạt. Đến năm 1944, thống kê chưa đầy đủ ở Yên Bái đã có 21 đồn điền, gồm 2.978 ha. Một số đồn điền lớn như đồn điền của tên mật thám vào làng Tây An-be Nguyễn Văn Long ở Cổ Phúc 446 ha, đồn điền Bờ-lông-đen Ô- guýt- tơ ở Quang Mạc 595 ha, đồn điền Tơ- ranh- bua ở Văn Phú và Bái Dương 300 ha. Tình cảnh người nông dân Yên Bái bị mất đất, một số phải đi làm thuê rất cực khổ. Mấy chục năm dưới ách thống trị của thực dân Pháp, nông nghiệp Yên Bái không có thay đổi gì đáng kể, phương pháp canh tác rất lạc hậu, năng suất thấp, độc canh cây lúa.
Về thương nghiệp, Pháp nắm độc quyền ngoại thương và một phần nội thương, thu mua nông, lâm sản với giá rẻ mạt, độc quyền phân phối muối, bán ép rượu. Ở các trung tâm buôn bán như thị xã Yên Bái, chợ Ngọc (phủ Yên Bình), chợ Vân Hội hình thành tầng lớp tiểu thương khá đông đảo, nhưng chủ yếu là chuyển sang làm trung gian mua bán cho các chủ Pháp.
Về văn hóa, xã hội thực dân Pháp ra sức thực hiện chính sách ngu dân; duy trì, khuyến khích các phong tục, tập quán lạc hậu, mê tín dị đoan nhất là ở vùng các dân tộc thiểu số. Cả tỉnh chỉ có vài trường tiểu học (cao nhất là lớp 3). Các trường này không phải dành cho con em nhân dân lao động mà nhằm đào tạo đội ngũ tay sai Pháp, vì thế đa số học sinh là con em quan lại, địa chủ, thổ hào. Chúng ra sức đầu độc thanh thiếu niên bằng sách báo phản động, đồi truỵ, bằng các tệ nạn xã hội (cờ bạc, rượu) hòng làm cho thế hệ trẻ bị tha hóa.
Về y tế, cả tỉnh chỉ có một nhà thương ở thị xã với vài y sĩ, hộ lý, trang bị và thuốc nghèo nàn. Bệnh sốt rét, nạn dịch tả, bệnh đậu mùa diễn ra thường xuyên; nạn hữu sinh vô dưỡng khá phổ biến, tuổi thọ người dân thấp, một số dân tộc ít người không phát triển được. Trưởng động Dao Sơn Tử viết cho chánh tổng Lương Sơn (châu Lục Yên): “Dân Mán chúng con bẩm thầy chánh là dân chúng con chết đậu gần hết rồi. Nhà nào còn người sống bỏ chạy đi nơi khác cả… Thuế năm nay thầy chánh đừng bổ nữa”.
Dưới ách thống trị, khai thác bóc lột của thực dân Pháp xã hội Yên Bái cũng như cả nước biến chuyển: từ xã hội phong kiến nhưng cực kỳ chậm phát triển, lạc hậu so với cả nước, chuyển sang xã hội thuộc địa nửa phong kiến, ngoài các giai cấp, mâu thuẫn cũ, xuất hiện các giai cấp và mâu thuẫn xã hội mới.
Giai cấp địa chủ phong kiến, ở phía Tây Bắc có phìa tạo cũng như các vùng dân tộc khác, quan hệ dân tộc, dòng họ tồn tại rất nhiều tàn dư cổ xưa. Có hai hình thức bóc lột chủ yếu là “cuông” và “khẩu nguột”. Nông dân (cuông) phải làm việc cấy, gặt và phục dịch không công cho các gia đình chủ phong kiến. Ruộng đất phân phát cho cuông nhiều hay ít là do ý muốn của chủ. Số khẩu nguột (tức tô) phải nộp cho chủ cũng vậy. Ở Văn Chấn, tri châu, bang tá có đặc quyền, đặc lợi, được canh tác từ 6-10 mẫu ruộng chức, được hưởng 10-18 tấn thóc nguột/năm, có từ 50-100 nhà làm cuông. Còn bên dưới cỡ chánh, phó tổng, thống quán được canh tác từ 4-6 mẫu ruộng chức, 20-30 nhà làm cuông, được hưởng 5-9 tấn thóc nguột và 1/4 số thuế thân do họ quản lý. Ở vùng đồng bào Kinh, Tày, Nùng hình thức bóc lột tô là chủ yếu, giống như vùng đồng bằng và trung du. Giai cấp địa chủ ở Yên Bái ngoài một số ôm chân đế quốc, cấu kết với Pháp phản lại lợi ích dân tộc, trục lợi về kinh tế còn số đông có tinh thần dân tộc, yêu nước tiến bộ, khi phong trào cách mạng phát triển, họ đứng về phía nhân dân, ủng hộ cách mạng.
Giai cấp nông dân chiếm gần 90% dân số, nhưng chỉ chiếm gần 40% diện tích đất trồng trọt. Nông dân bị thực dân phong kiến đè nén, áp bức bóc lột nặng nề. Đời sống, đặc biệt trong những năm chiến tranh và thiên tai gặp muôn vàn khó khăn. Không chỉ bị bóc lột tô, cuông, họ còn bị bắt đi làm phu, cống nạp chủ khi săn được của ngon vật lạ, khi lễ tết. Về nguồn gốc, một bộ phận rất đông nông dân Yên Bái quê quán ở các tỉnh miền xuôi như Vĩnh Yên, Nam Định, Hà Đông, Thái Bình, Hưng Yên… bị đói rét buộc phải lên Yên Bái cày thuê, cấy rẽ, hoặc khai phá đất hoang lập nghiệp. Do bị áp bức, bóc lột nặng nề cho nên nông dân rất căm thù đế quốc, phong kiến. Khi có Đảng lãnh đạo, nông dân là lực lượng đông đảo đứng lên đi theo Đảng làm cách mạng.
Công nhân Yên Bái ra đời cùng với quá trình khai thác thuộc địa của thực dân Pháp. Đầu tiên là lớp công nhân làm đường sắt Hà Nội - Yên Bái - Lào Cai (1899-1906); rồi đến đội ngũ thợ mỏ. Năm 1922 bắt đầu có công nhân đồn điền. Năm 1938 có công nhân ở xưởng Đề-pô Yên Bái. Năm 1939 công nhân Yên Bái có trên 500 người. Đời sống của công nhân rất cực khổ; chế độ làm việc khắc nghiệt, thời gian thường trên 10 tiếng một ngày; phương tiện lao động thô sơ, thiếu thốn; hay bị cúp phạt, sa thải; tai nạn lao động trầm trọng (năm 1927 mỏ than Minh Tiến sụt hầm làm 200 công nhân chết). Chính vì vậy, công nhân Yên Bái tích cực đấu tranh chống lại giới chủ; khi có tổ chức Đảng lãnh đạo đã cùng toàn dân đứng lên làm cách mạng, góp phần viết nên những truyền thống tốt đẹp.
Tầng lớp tư sản Yên Bái không nhiều, chia làm hai hạng khác nhau: số ít tư sản mại bản chung cổ phần với giới chủ Pháp - Nhật để cùng kinh doanh hàng lâm sản hoặc lập hiệu bán buôn hàng của chủ Pháp cho các nhà buôn nhỏ. Họ gắn chặt quyền lợi kinh tế với thực dân Pháp và địa chủ phong kiến. Tuy nhiên cũng có một số bị cạnh tranh, chèn ép mạnh, bị các thế lực quan lại phong kiến ngăn cản mở rộng kinh doanh cho nên cũng bất bình với thực dân Pháp và phong kiến, có tinh thần độc lập.
Tầng lớp tiểu tư sản gồm có tiểu thương, tiểu chủ, những người làm thủ công, trí thức, viên chức, học sinh. Họ kinh doanh không mấy phát đạt, không có địa vị trong bộ máy thống trị của thực dân và tay sai, đời sống mọi mặt có nhiều khó khăn, phần lớn thấu hiểu, thông cảm với hoàn cảnh của công nhân và nông dân, có một bộ phận rất hăng hái tham gia cách mạng. Khi phong trào cách mạng phát triển, tuyệt đại đa số tầng lớp này đứng về phía dân tộc, ủng hộ, tham gia cách mạng. Nhiều cán bộ Đảng có tri thức, trí tuệ đầu tiên của Đảng xuất thân từ tầng lớp này.
Các tầng lớp xã hội ở Yên Bái đều chịu tác động hai mâu thuẫn cơ bản: Một là, mâu thuẫn giữa nhân dân các dân tộc với đế quốc thực dân và bè lũ tay sai. Đây là mâu thuẫn cơ bản nhất, đặc biệt gay gắt, đòi hỏi phải giải quyết cấp bách bằng cuộc cách mạng giải phóng dân tộc.
Hai là, mâu thuẫn giữa nhân dân, chủ yếu là nông dân với địa chủ phong kiến. Mâu thuẫn này ngày càng gay gắt, nhưng cần phải giải quyết dần dần theo yêu cầu của nhiệm vụ chống đế quốc và xây dựng xã hội mới, bằng nhiều biện pháp như vận động, giáo dục, thuyết phục.
Do đặc thù là vùng thượng lưu, có nhiều dân tộc sinh sống, có nhiều khác biệt so với các tỉnh miền xuôi, nhưng dưới chế độ thực địa nửa phong kiến, với ách áp bức, thống trị tàn bạo của đế quốc và tay sai đã chứa đựng yêu cầu cháy bỏng đòi hỏi một cuộc đấu tranh giải phóng trong tầng lớp nhân dân các dân tộc ở Yên Bái.
