Các loài vi khuẩn có hình dạng tương đối đa dạng, có một số dạng chính như sau:
- Hình que: Trực khuẩn lị, trực khuẩn đường ruột,...
- Hình cầu: tụ cầu khuẩn, liên cầu khuẩn,...
- Hình xoắn: xoắn khuẩn gây bệnh vàng da,...
- Hình dấu phẩy: phẩy khuẩn tả,...