Để giải thích cơ sở di truyền của ưu thế lai, người ta đưa ra khá nhiều giả thuyết nhưng giả thuyết được nhiều người thừa nhận là giả thuyết siêu trội:
- Ở trạng thái dị hợp tử về nhiều cặp gen khác nhau, con lai có kiểu hình vượt trội về nhiều mặt so với các dạng bố mẹ có nhiều gen ở trạng thái đồng hợp tử
→ Để tạo con lai có ưu thế lai, người ta thường tạo những dòng thuần chủng khác nhau, sau đó cho các dòng thuần chủng lai với nhau để tìm các tổ hợp lai cho ưu thế lai cao.
→ ưu thế lai biểu hiện cao nhất ở đời F1 rồi sau đó giảm dần ở các đời tiếp theo → Không dùng con lai để làm giống
- Để tạo dòng thuần thì người ta dùng các dòng thuần chủng khác nhau rồi lai và chọn ra những tổ hợp gen mong muốn để cho tự thụ hoặc giao phối gần → không phải chắc chắn ưu thế lai sẽ được chọn để cho tự thụ hoặc giao phối gần để tạo dòng thuần
- Các nhà tạo giống thường lai duy trì các giống bố mẹ và tạo con lai có ưu thế lai cao để sử dụng vào mục đích kinh tế (thương phẩm)
