Trong phân hữu cơ thường có các vi khuẩn, vi nấm, trửng các loại ký sinh trùng gây bệnh cho người, gia súc, cho cây. Phân thường có mùi khó chịu, chứa rất nhiều các chất cao phân tử như xen lu lô, he mi xen lu lô, tinh bột, pro tê in, mở... Khi ủ phân đúng cách nhiệt độ đống ủ làm chết hầu hết các loại vi khuẩn, vi nấm, trửng các loại ký sinh trùng, phân mất mùi khó chịu, các chất cao phân tử như xen lu lô, he mi xen lu lô, tinh bột, pro tê in, mở... bị phân hủy thành các chất có cấu tạo phân tử nhỏ hơn nên cây dễ hấp thu hơn như xen lu lô, he mi xen lu lô, tinh bột bị biến thành các loại tinh bột có phân tử thấp; pro tê in biến thành các ami nô a xit mà các sản phẩm sau quá trình ủ là nguồn thức ăn, môi trường tốt cho sự phát triển của các loại vi sinh có ích như các vi sinh cố định đạm...
