Vào những năm cuối thế kỷ XIX, thực dân Pháp đã đẩy mạnh các hoạt động do thám, nắm tình hình dưới nhiều danh nghĩa khác nhau, nhằm phục vụ cho âm mưu xâm chiếm Đắk Lắk – Tây Nguyên. Sau khi chiếm Đắk Lắk, thực dân Pháp bắt tay xây dựng bộ máy thống trị, thành lập đơn vị hành chính tỉnh Đắk Lắk vào năm 1904 theo Nghị định của Toàn quyền Đông Dương. Chúng chia Đắk Lắk thành 5 quận, thực hiện chính sách “chia để trị”. Nhưng cũng chính từ sự áp bức, bóc lột hà khắc đó, đồng bào các dân tộc Dak Lak đã liên tục và anh dũng đứng lên chống thực dân Pháp, đứng đầu là các vị tù trưởng. Trong những năm cuối thế kỷ XIX, đầu thế kỷ XX, trong tỉnh liên tục nổ ra các cuộc khởi nghĩa và đấu tranh vũ trang, như cuộc khởi nghĩa của Ama Jhiao (1889-1905), cuộc đấu tranh của N’Trang Gưh (1900-1914), cuộc khởi nghĩa của Oi H’Mai (1901-1909). Tiêu biểu là cuộc nổi dậy của đồng bào M’nông do N’Trang Lơng lãnh đạo. Cuộc khởi nghĩa này kéo dài 24 năm (1912-1935) lôi cuốn đồng bào các dân tộc, không chỉ ở Tây Nguyên, mà cả Campuchia cũng hưởng ứng.
Cùng với cuộc đấu tranh và khởi nghĩa vũ trang do các vị tù trưởng lãnh đạo, trong tỉnh cũng đã xuất hiện một số phong trào đấu tranh chính trị hợp pháp của tầng lớp công chức, viên chức, trí thức, học sinh chống chính sách chia để trị của thực dân Pháp, chống chính sách ngu dân, khinh miệt đồng bào các dân tộc bản xứ. Tiêu biểu là cuộc đấu tranh do hai giáo chức yêu nước người Ê Đê là Y Jút H’Wing và Y Út Niê lãnh đạo (1925-1926).
Cũng trong thời kỳ này, do chính sách lập đồn điền khai thác thuộc địa, ở Đắk Lắk đã xuất hiện tầng lớp công nhân làm thuê cho các đồn điền. Để chống lại sự áp bức, bóc lột tàn bạo của thực dân Pháp, công nhân các đồn điền đã nhiều lần tổ chức các cuộc đấu tranh dưới nhiều hình thức khác nhau. Tiêu biểu là cuộc đấu tranh của công nhân đồn điền Mai Ô (Maillot) năm 1927, cuộc đấu tranh của công nhân đồn điền Rossi, CHPI năm 1933, công nhân cầu đường Buôn Hồ 1935 và sau này là công nhân đồn điền CADA…
Năm 1900, thực dân Pháp xây dựng ở Buôn Ma Thuột một trại giam để giam giữ những người chống lại quá trình xâm lược và bình định của chúng. Về sau, chúng tiếp nhận tù chính trị từ nơi khác đến và biến nơi đây thành một nơi giam cầm, đày ải và thủ tiêu các chiến sĩ cách mạng bị bắt trong các phong trào yêu nước. Sau năm 1930-1931, chúng đày lên Buôn Ma Thuột 30 chiến sỹ cộng sản. Từ năm 1932, thực dân Pháp xây cất thêm và mở rộng trại giam. Đến năm 1936, chúng bỏ nhà đày Lao Bảo (Quảng Trị) và chuyển số đày còn sống sót đến Buôn Ma Thuột. Trại giam Buôn Ma Thuột từ đó trở thành một nhà đày lớn của Pháp ở Đông Dương
