Nhóm động vật này là thức ăn của các loài cá nhỏ và cá con, các loài thân mềm (trai, ốc,..), giáp xác (tôm, cua, nhện nước,…), ấu trùng sống dưới nước. Và tất cả các loài này lại là thức ăn của cá lớn.
Ngoài ra, động vật nguyên sinh cũng giúp bảo vệ và làm sạch môi trường nước nhờ việc chúng phân giải và tiêu hóa các vụn hữu cơ.
