Chiến tranh kéo dài, đồng ruộng bị tàn phá, sản xuất bị đình đốn; người chết vì tòng quân cho triều đình và quân khởi nghĩa rất nhiều. Cá biệt như vùng Ngân Già (huyện Nam Chân, nay thuộc huyện Nam Trực, tỉnh Nam Định), sau khi khởi nghĩa của Vũ Đình Dung bị đàn áp, gần như toàn bộ làng đó bị triệt hạ, chết gần hết. Trịnh Doanh ra lệnh đổi tên làng đó từ Ngân Già thành Lai Cách với ý miệt thị (lai cách mang nghĩa là "không ai đến"). Hoặc như khởi nghĩa quận He bị dẹp, mộ cha của thủ lĩnh Nguyễn Hữu Cầu bị tướng Phạm Đình Trọng quật lên tiêu huỷ. Những việc làm đó càng làm khoét sâu mối thù hận trong dân chúng bị bóc lột và đàn áp.
Về phía triều đình, để có lực lượng đối phó với các cuộc khởi nghĩa, Trịnh Doanh ưu đãi tướng sĩ để khuyến khích sự hăng hái của họ. Binh lính nòng cốt là lính Thanh - Nghệ, vì cậy có công nên trở thành kiêu binh. Mặt khác, vì muốn dẹp loạn bằng mọi giá, chúa Trịnh đã hạ lệnh đốt hết sổ sách thư từ, thu nhặt hết chuông khánh trong các chùa để đúc binh khí.
