Về mặt hình thức, sinh sản ở vi sinh vật nhân thực cũng tương tự như sinh sản ở vi sinh vật nhân sơ (đều bao gồm các dạng : phân đôi, nảy chồi hoặc tạo thành bào tử) tuy nhiên về mặt bản chất, ngoài sinh sản vô tính như vi sinh vật nhân sơ, ở chúng còn xuất hiện cả sinh sản hữu tính.
1.Sinh sản bằng bào tử
- Sinh sản bằng bào tử vô tính : nấm Mucor (bào tử kín), nấm Penicillium (bào tử trần), nấm sợi (bào tử áo), …
- Sinh sản bằng bào tử hữu tính : nấm rơm (bào tử đảm), nấm sợi (bào tử tiếp hợp),…
2. Sinh sản bằng cách nảy chồi và phân đôi
- Sinh sản bằng nảy chồi : nấm men rượu,…
- Sinh sản bằng phân đôi : nấm men rượu rum, tảo lục, tảo mắt, trùng giày…
