Nguyên nhân trước hết là phần lớn các tỉnh, thành phố khu vực Đồng bằng sông Cửu Long có cao độ tự nhiên thấp. Đây là điểm yếu dễ bị tổn thương nhất do lũ lụt và xâm nhập mặn.
Tình trạng xây dựng thủy điện và các hoạt động khai thác tài nguyên nước thượng nguồn sông Mekong gây thiếu hụt nguồn nước về hạ lưu, kết hợp với yếu tố nước biển dâng đẩy mặn sâu vào nội đồng.
Theo Quy hoạch tổng thể thủy lợi Đồng bằng sông Cửu Long trong điều kiện biến đổi khí hậu, nước biển dâng giai đoạn 2012-2030, để ứng phó cần khoảng 90.000 tỷ đồng, nhưng trong giai đoạn 2011-2015 chỉ bố trí được khoảng 16.500 tỷ đồng, mới đáp ứng được 40% nhu cầu quy hoạch nên hệ thống thủy lợi toàn vùng chưa được xây dựng hoàn chỉnh.
