Vì vi sinh vật có kích thước nhỏ nên chúng phát triển ở mọi nơi trong tự nhiên.
★ Môi trường trong lòng đất, cát, bùn... :
Vi khuẩn uốn ván, vi nấm , nấm mốc
★ Môi trường trong không khí :
Vi khuẩn nitrat hoá , nitrit hoá.
★ Môi trường ao, hồ :
Vi khuẩn lam, trùng roi xanh, tảo...
★ Môi trường trong cơ thể động vật, con người :
Vi khuẩn lactic, nấm men,...