Các cơ quan trong hệ tiêu hoá của thằn lằn có những thay đổi so với ếch :Ống tiêu hoá đã phân hoá rõ hơn, ruột già chứa phân đặc do có khả năng hấp thu lại nước.

Phổi gồm một mạng ống khí dày đặc tạo nên một bề mặt trao đổi khi rất rộng. Phổi nằm trong hốc sườn 2 bên sống lưng nên sự thông khí qua phổi là nhờ hệ thống túi khí phân nhánh (9 túi) len lỏi vào giữa các hệ cơ quan, trong các xoang rồng giữa các xương (hình 43.2). Sự phối hợp hoạt động của các túi khí bụng và các túi khí ngực làm cho không khí đi qua hệ thống ống khí trong phổi theo một chiều khiến trong phổi không có khí đọng, tận dụng được lượng ôxi trong không khí hít vào. Đặc điểm này phù họp với nhu cầu ôxi cao ờ chim, đặc biệt khi chim bay. Khi chim đậu, hô hấp nhờ sự thay đổi thể tích lồng ngực.

Túi khí còn làm giảm khối lượng riêng của chim và giảm ma sát nội quan khi bay.

Sống hoàn toàn trên cạn nên phổi là cơ quan hô hấp duy nhất của thằn lằn. So với phổi ếch, phổi thằn lằn có cấu tạo phức tạp hom, có nhiều vách ngăn và nhiều mao mạch bao quanh.
Sự thông khí ờ phổi (hít, thở) là nhờ sự xuất hiện của các cơ liên sườn. Khi các cơ này co đã làm thay đổi thể tích cùa lồng ngực.

Cấu tạo của hệ tuần hoàn và hô hấp như vây phù hợp hơn với hoạt động đòi hỏi cung cấp nhiều năng lượng khi di chuyển trên cạn, nhưng còn chưa hoàn thiện nên thằn lằn vẫn là động vật biến nhiệt.