Vai trò của đột biến cấu trúc nhiễm sắc thể là:
-Với quá trình tiến hoá: Cấu trúc lại hệ gen -> cách li sinh sản -> hình thành loài mới.
-Với nghiên cứu di truyền học: xác định vị trí của gen trên NST qua nghiên cứu mất đoạn NST.
- Với chọn giống: Ứng dụng việc tổ hợp các gen trên NST để tạo giống mới.
-Với đột biến mất đoạn NST: Xác định vị trí của gen trên NST