Sự ô nhiễm môi trường đã gây ra những hậu quả xấu đối với nghê nuôi thủy sản và sức khỏe con người. Với môi trường nước, nếu ô nhiễm sẽ ảnh hưởng xấu đến những sinh vật sống trong nước, trong đó có tôm, cá. Môi trường nước bị ô nhiễm là do:
- Nước thải sinh hoạt giàu dinh dưỡng nhưng cũng có nhiều sinh vật gây hại cho con người và sinh vật thủy sinh
- Nước thải công, nông nghiệp gồm các chất rắn, kim loại nặng, thuốc trừ sâu, diệt cỏ,... gây hại cho sinh vật thủy sinh và con người. Ngoài ra, rác thải sinh hoạt cũng góp phần không nhỏ vào sự ô nhiễm môi trường thủy sản.
